Der Verein MARCHSTEI wurde im Jahr 1982 unter dem Namen GEFÄHRDETENHILFE BERN gegründet. Zum Verein gehörten zunächst Teams, die Menschen im Strafvollzug oder Strafentlassene betreuten. Später kam ein Team dazu, welches auf der Gasse den Kontakt zu Drogenabhängigen suchte.

Im Rahmen des "Credo Bern 91" entstanden innerhalb des Vereins GEFÄHRDETENHILFE BERN die Arbeitsgruppen Familienarbeit, Gassenarbeit, Entzugsstation und der Verein Wohngemeinschaften für Alleinerziehende in Zollikofen. Der Verein bezeichnet sich als konfessionell und politisch unabhängig. Im April 1992 nimmt die Drogenentzugsstation in Ittigen, der MARCHSTEI, den ersten Teilnehmer auf.

Im Laufe der Jahre lösten sich verschiedene Arbeitszweige auf oder verselbständigten sich. Im Jahr 2000 wurde die bereits bestehende Gassenarbeit COME BACK der Entzugsstation angeschlossen. Es blieben die Gefängnisarbeit PAPILLON und die Fachklinik MARCHSTEI.

2005 wurde die Gefangenenarbeit ausgegliedert. Im Jahr 2006 änderte der Trägerverein den Namen zu Verein MARCHSTEI.